目前總出版著作目錄
一、出版專書
1. 蔡至哲，《中、韓儒者的秩序追求》（臺北：新文豐出版社，2022）。
2. 蔡至哲，《朝鮮儒者的歷史世界：儒者、王權與宗教之間》已經過國科會「補助期刊審查專書書稿」，預計在2027年於聯經出版社出版。
二、期刊論文（其中共15篇核心期刊論文，包括1篇AHCI，3篇THCI第一級，1篇TSSCI(第一級)）
1.蔡至哲，〈近代朝鮮儒者對中華的詮釋與對民國的批評：以田愚與柳麟錫的思想為中心〉，《國史館館刊》審查通過，預計刊登。（THCI第二級）
2.Tsai, Chihche. “Sages and Hail: An Inquiry into Hail Interpretation in Ming China.” Religions 17, no. 2 (2026): 159. https://doi.org/10.3390/rel17020159.（AHCI）
3.蔡至哲，〈崇儒排佛之外——朝鮮君主對儒生「闢異端」排佛暴力的批判〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，128期（2025年6月），頁47-76。（THCI第一級）
4. 蔡至哲，〈兩是兩非？朝鮮黨爭脈絡下的君子小人之辨〉，《中正漢學研究》，總第44期（2024年12月），頁203-236。（THCI第二級）
5. 蔡至哲，〈得君與覺民之間：重探退溪的「實、虛」之辨〉，《臺灣東亞文明研究學刊》第21卷第2期(總第42期)（2024年12月），頁1-29。（THCI第二級）
6. Tsai, Chihche. "The Influence of Chinese Catholic Historical Memories on Early Joseon Catholicism", Review of Religion and Chinese Society (published online ahead of print 2024), doi: https://doi.org/10.1163/22143955-12340023（ESCI）
7. 蔡至哲，〈本末一貫：回到政教鬥爭脈絡重探朱熹以《大學》為本的政治思想〉，《政治科學論叢》第99期（2024年3月），頁1-38。（TSSCI第一級）
8. 蔡至哲，〈康熙與朝鮮正祖對朱子學詮釋的比較〉，《思與言》第五十九卷第四期（594期）（2021年12月），頁59-116。（THCI第二級）
9. 蔡至哲，〈我朝同於趙宋──十八世紀朝鮮儒者對宋代中華秩序的詮釋〉，《成大歷史學報》第61期（2021年12月），頁131-172。（THCI第二級）
10. 蔡至哲，〈成為「怨國失志」之人──重探天主教會在朝鮮王朝的成立〉，《臺灣宗教研究》第20卷第1期（2021年6月），頁83-121。（THCI第二級）
11. 蔡至哲，〈吾道之東──朝鮮儒者對「後朱子時代」道統系譜的建構〉，《臺灣東亞文明研究學刊》第16卷第2期（總第32期）（2019年12月），頁43-85。（THCI第二級）
12. 蔡至哲，〈朝鮮天主教儒者對《七克》思想的再詮釋──以星湖左派為中心的探討〉，《政大中文學報》第31期（2019年6月），頁173-217。（THCI第一級）
13. 蔡至哲，〈君子致權——陽明晚年政治思想新探〉，《政治大學歷史學報》第49期（2018年5月），頁1-38。（THCI第二級）
14. 蔡至哲，〈患吾學之未至──「己卯士禍」對李退溪朱子學思想深化的影響〉，《漢學研究》第36卷第1期（2018年3月），頁101-135。（THCI第一級）
15. 蔡至哲，〈朝鮮君臣對朱熹〈與留丞相書〉詮釋爭議之分析〉，《臺灣師大歷史學報》第58期（2017年12月），頁1-50。（THCI第二級）
三、專書（論文集）之一章
蔡至哲；延宗華，〈天官武財神與商人精神〉，收入林振源、李豐楙 主編，《武德鸞秘與扶鸞文化：北港武德宮第五屆財神信仰學術論集》（臺北：新文豐出版社，2025），頁213-228。
蔡至哲，〈臺灣主體性與新興教會的教勢追求〉，收入劉健宇、李新元、白偉權、孔德維主編：《海洋亞洲的想像—全球化與去全球化》（臺北：秀威資訊社，2024），頁
張志銘；蔡至哲，〈從一帶一路倡議論兩岸茶產業交流的回顧與前瞻〉，收入蘇暉陽主編，《鄉村振興戰略與茶產業高品質發展》（廈門：廈門大學出版社，2021），頁246-263。
四、翻譯與主編作品
1.〔美〕羅德尼•斯塔克著；蔡至哲譯，《理性的勝利：自由、科學、資本主義，以及進步的理性神學》（臺北：八旗出版社，2021）本書譯自美國宗教社會學家Rodney Stark, The Victory of Reason: How Christianity Led to Freedom, Capitalism, and Western Success (New York: Random House, 2005)
2. 〔美〕克莉斯汀·海默著；蔡至哲譯，《路德神話》（臺北：鷹出版社，2022）本書譯自Christine Helmer, How Luther Became the Reformer (Louisville: Westminster John Knox Press, 2019)
3. 〔美〕海倫·普魯克羅斯、詹姆斯·林賽著；蔡至哲譯，《左膠是如何煉成的》（臺北：八旗出版社，2025）本書譯自CYNICAL THEORIES：How Activist Scholarship Made Everything about Race, Gender, and Identity—and Why This Harms Everybody (NC: Pitchstone Publishing, 2020)
4. 〔義〕馬西莫·英特羅維吉著；蔡至哲譯，《宗教自由和東亞新興教會》（臺北：萬卷樓出版社，2022）。
5. 〔以〕梅隆·麥茲尼（Meron Medzini）；蔡至哲譯，《臺灣和以色列：共同書寫想像力與信念的未來篇章》（臺北：時報出版社，2026）。
6. 〔加〕寇謐將（J. Michael Cole）著；蔡至哲譯，《台灣火藥桶：新冷戰中心的島國》（臺北：商周出版社，預計出版中）。本書譯自 The Taiwan Tinderbox: The Island-Nation at the Centre of the New Cold War（Cambridge: Polity Press, 2025）。
7. 孔德維著；蔡至哲主編，《共祖的想像：台中國農宮誌（1969-2024）》（台北市：一八四一出版，2025）